Trường Văn hóa Công an nhân dân V được tổ chức và hoạt động theo mô hình nhà trường công lập thuộc hệ thống giáo dục quốc dân, đồng thời chịu sự chỉ đạo về chuyên môn và chính trị của Bộ Công an. Cơ cấu tổ chức của Nhà trường được xây dựng khoa học, tinh gọn, hiệu quả, bảo đảm sự lãnh đạo tập trung, thống nhất và phân công trách nhiệm rõ ràng giữa các cấp.

Ban Giám hiệu là cơ quan điều hành cao nhất, chịu trách nhiệm trước cấp trên về toàn bộ hoạt động giáo dục, đào tạo, quản lý học sinh nội trú và xây dựng nhà trường vững mạnh về mọi mặt.